2005-   Pemerintah menerbitkan Undang-undang Nomor 3 Tahun 2005 Tentang  Sistem Keolahragaan Nasional dan memecah KONI menjadi KON dan KOI. KON melakukan pembinaan dalam negeri dan penyelenggaraan Pekan Olahraga Nasional, KOI melakukan kegiatan pengiriman atlet keluar negeri dan penyelenggara pekan olahraga internasional di Indonesia.

2007-   Pemerintah menerbitkan Peraturan Pemerintah Nomor 16, 17, dan 18 Tahun 2007 sebagai peraturan pelaksanaan UU No.3 Tahun 2005. KONI menyelenggarakan Musornas Luar Biasa (Musornaslub) antara lain mengesahkan anggaran dasar KONI dan KOI serta Rita Subowo sebagai Ketua Umum KONI dan KOI masa bakti 2007-2011.

2010-    Rakor di Surabaya, seluruh peserta KONI Provinsi merekomendasikan pembentukan Pokja Amandemen  UU No. 3 Tahun 2005 tentang SKN dan penyatuan KONI dan KOI.

2011-    Musornas KONI di NTB, Tono Suratman terpilih sebagai Ketua Umum KONI Pusat.

2012-   RAT KONI memutuskan perlu adanya penyempurnaan AD/ART KONI. Dibentuk Pokja dari unsur KONI Pusat, KONI DKI Jaya, Kalbar, Sultra, PB Perbakin, dan PB IKASI. Pada Desember 2012, Rembuk Olahraga Nasional KONI di Balikpapan merekomendasikan perlunya pemerintah menetapkan aturan untuk KONI yang implementatif sebagai satu-satunya wadah organisasi dalam mencapai prestasi Nasional menuju prestasi Internasional.

Catatan :

1.    PORI sebagai cikal bakal badan olahraga nasional yang mengkoordinasikan induk-induk organisasi olahraga dibentuk oleh masyarakat olahraga telah berdiri ditengah perjuangan kemerdekaan, 1946.

2.   PORI dan KOI pada awalnya merupakan badan yang terpisah. Karena dirasakan tidak efisien, 1951 PORI melebur ke KOI.

3.   KONI  lahir  dari  masyarakat  olahraga pada 1966 diketuai Sri Sultan Hamengku Buwono IX. KONI pada awalnya terpisah dengan KOI yang diketuai Sri Paku Alam VIII.

4.       Dengan alasan efisiensi pula, 1978 KONI dan KOI menjadi satu ibarat sekeping mata uang dengan dua sisi, disyahkan didalam AD/ART oleh Musornas IV KONI 1981.

5.   Dengan usia KONI 46 tahun ini, sejarah mengajarkan 2 kali penyatuan KONI – KOI semata-mata demi efisiensi.